Sungguhpun begitu disetiap negeri tersebut ditubuhkan Jabatan Kehakiman Syariah Negeri seperti Jabatan Kehakiman Syariah Negeri Johor dan Perak.
Campur tangan tidak rasmi British di Tanah Melayu bermula pada tahun 1786 oleh Sir Francais Light di Pulau Pinang dan di Singapura oleh Sir Stamford Raffles pada tahun 1824.
Satu sejarah penting bakal tercipta bagi Mahkamah Syariah di negara ini apabila kedudukannya akan berada sama taraf dengan Mahkamah Sivil dari segi perjawatan, emolument dan lain-lain yang berkaitan.
Akibatnya hukum syarak hanyalah terpakai dalam undang-undang keluarga, perwarisan dan beberapa aspek jenayah syariah.
Fasa kedua juga dinamakan sebagai penyesuaian dari segi spirit atau jiwa yang membawa kepada ilmu tasawuf, mistik dan juga kalam 1400-1700.
Melaksanakan dan menguatkuasakan undang-undang dalam Islam adalah satu tugas dan kewajipan setiap Muslim dan tidak boleh dipisahkan sama sekali.