Selain sebagai biofilter, tanaman juga berfungsi sebagai alat ukur kadar nutrisi yang terkandung dalam kotoran terlarut di kolam pemeliharaan ikan.
Budidaya tanaman organik akuaponik memberikan banyak keuntungan, antara lain sebagai berikut.
Ikan-ikan tersebut mampu memproduksi amonia yang tinggi, sebagai nutrisi untuk tanaman, serta ketahanan ikan pada air yang relatif kotor, terutama ikan lele.